南京讨债公司可以采取以下措施来确保合法合规的债务追讨操作。以下是详细解答：
1. 遵守相关法律法规：南京讨债公司需要充分了解、学习并严格遵守国家和地方相关的法律法规，例如《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国债权法》等。
2. 注册与许可：确保公司获得合法的营业执照，并按照规定进行注册、备案和年检，确保公司的经营活动合法合规。
3. 聘请合法顾问：聘请合法的法律顾问或律师团队，对债务追讨操作进行咨询和指导，以确保公司的行为符合法律要求。
4. 依法收集证据：在进行债务追讨前，确保充分、合法地收集相关证据，包括借款合同、还款记录、欠款证明等，为后续操作提供法律依据。
5. 合法利用网络信息：在债务追讨过程中，合法利用网络信息渠道，通过公开途径获取债务人的资产信息和还款能力评估，但不得侵犯个人隐私和涉及非法手段。
6. 依法实施追债措施：在实施债务追讨过程中，必须遵循法定程序，如书面催讨、协商和仲裁等，确保操作合法合规。及时记录每一次的催讨行动和沟通情况。
7. 不采取暴力手段：严禁使用暴力手段进行追债，包括恐吓、威胁、伤害等，必须坚持文明追债原则，遵循法治精神。
8. 合规报告与监督：定期向相关政府部门报送债务追讨活动的情况，同时接受相关部门的监督和检查。确保公司运营符合法律要求。
南京讨债公司应严格执行上述措施，与合法合规的操作准则相一致，以建立良好的信誉和形象，提高债务追讨的成功率，并促进行业的健康有序发展。
